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学术资源生命与医学

cogent3 新版加入 Python 3.15 支持

cogent3 是一个用于基因组序列分析的 Python 库，可做序列读写、多序列比对、系统发育建树和分子进化建模，代码采用 BSD 3-Clause 许可证。2026 年 10 月 15 日发布的 2026.10.15 版是一次维护更新，加入 Python 3.15 和 NumPy 2.5 支持，并修复 UnionDict 合并嵌套字典时可能无限循环的问题。本文为资料核验，未安装实测。 ![人类 MYBPH 基因在多个物种中的直系同源序列逐行对齐，形成横向排列的多序列比对

学术资源科研 Agent

DSPy 3.4.1 更新了提示优化与子智能体

DSPy 是斯坦福 NLP 团队发起的开源 Python 框架（仓库 stanfordnlp/dspy，MIT 许可证），用声明输入输出的“签名”和可组合模块编写语言模型程序，再由优化器按评测指标调整提示。3.4.1 版于 2026 年 10 月 12 日（UTC）发布，GEPA 优化器默认改用结构化指令生成器，RLM 模块可在运行中构建子智能体。本文为资料核验，未安装实测。 ![题图：DSPy 工作方式示意。左侧是写有输入、输出字段的任务卡片（签名），中间几个模块方块用箭

学者观察

重读弗莱明 1929 年青霉素论文：它写了什么，为何十年后才进入临床

1929 年 6 月，伦敦圣玛丽医院的亚历山大·弗莱明在《英国实验病理学杂志》发表论文，报告一种青霉菌的肉汤滤液能抑制并溶解葡萄球菌等化脓性球菌，并称之为“青霉素”。论文设想它可作局部抗菌剂，主要用途却写成分离流感杆菌；直到 1940 年，牛津弗洛里、钱恩团队才用小鼠实验证明它能在体内治病。

学术资源科研 Agent

LangGraph 1.2.15 修复了检查点与恢复问题

LangGraph 是 LangChain 公司维护的开源 Python 框架（仓库 langchain-ai/langgraph，MIT 许可证），把智能体流程写成由节点和状态构成的图，并用检查点逐步保存状态，让长任务在中断后能接着执行。1.2.15 版于 2026 年 10 月 12 日（UTC）发布，集中修复检查点写入、状态分支和恢复执行中的问题。本文为资料核验，未安装实测。 ![题图：研究流程画成节点和箭头组成的图，每完成一步就在下方存入一个检查点，中断后从最近的检

学者观察

《科学》新论文：135例古基因组重建新疆东天山两千年人群史

2026年9月17日（北京时间18日），《科学》刊发付巧妹、崔银秋团队论文：他们测得新疆东天山11处遗址135位古人的全基因组，年代跨越距今3580至1546年。分析显示，青铜时代主体人群约一半祖源与黄河流域粟作农民相关，另一半与切木尔切克文化人群相关；铁器时代人群延续本地底色，又吸收了多方向成分。

学术资源生命与医学

OmicVerse 2.3.2 重构了组学绘图模块

OmicVerse（GitHub 仓库 omicverse/omicverse）是面向转录组和多组学分析的开源 Python 库，采用 GNU GPL 第 3 版许可，把 bulk RNA-seq、单细胞和空间转录组的常用方法接入同一套以 AnnData 为核心的接口。2026 年 9 月 23 日发布的 2.3.2 版重构了多面板绘图，并修复了空间、单细胞和 bulk 分析中的多处问题。 ![OmicVerse 单细胞分析多面板图：模块示意、代码片段、结直肠癌数据 UMA