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OmicVerse 2.3.2 重构了组学绘图模块

OmicVerse（GitHub 仓库 omicverse/omicverse）是面向转录组和多组学分析的开源 Python 库，采用 GNU GPL 第 3 版许可，把 bulk RNA-seq、单细胞和空间转录组的常用方法接入同一套以 AnnData 为核心的接口。2026 年 9 月 23 日发布的 2.3.2 版重构了多面板绘图，并修复了空间、单细胞和 bulk 分析中的多处问题。  OmicVerse 单细胞分析模块概览与示例结果，涵盖细胞注释、细胞通讯、轨迹推断和通路评分（2024 年论文版本）。图源：Zeng Z 等，Nature Communications 15:5983（2024）图 5，CC BY 4.0。 ### 项目定位与数据接口 项目 README 把 OmicVerse v2 描述为统一的 Python 项目，覆盖 bulk RNA-seq、单细胞、空间转录组、下游可视化、基于模型的分析和 AI 辅助工作流。它以 pandas、AnnData、NumPy 和 MuData 为数据底座，封装了 Scanpy、PyDESeq2、CellPhoneDB、Harmony、STAGATE、cell2location 等大量已发表工具，研究者可以用同一种数据对象串起质控、降维聚类、细胞注释、差异分析、细胞通讯和作图。项目的方法论文于 2024 年 7 月 16 日发表在 Nature Communications（第 15 卷，文章号 5983），除介绍整体框架外，还提出 BulkTrajBlend 算法：用 β-VAE 从 bulk RNA-seq 中解卷积出单细胞谱，再用图神经网络识别重叠的细胞群落，补回单细胞测序因技术限制而“遗漏”的细胞类型。 PyPI 上 2.3.2 的元数据要求 Python 3.9 及以上，并把 anndata 限定在 0.10 及以上、0.14 以下。README 建议先装好 PyTorch，再用 `pip install -U omicverse` 或 `conda install omicverse -c conda-forge` 安装；COMMOT、FlowSig、流式细胞、合成生物学等功能需按可选依赖组另行安装。v2 还提供 ov.Agent 自然语言分析接口和 MCP 服务端（`python -m omicverse.mcp`），可以把已注册的分析函数交给支持 MCP 的 AI 客户端调用。本文于 2026 年 10 月 21 日核对上述官方资料，属于资料核验，未安装实测。 ### 2.3.2 版本更新内容 GitHub Releases 显示，v2.3.2 于 2026 年 9 月 23 日（UTC）发布，距 2.3.1 共 96 次提交，截至核对日仍是最新正式版本。改动最大的是绘图模块 ov.pl：新增 panelflow 版面引擎，先测量再摆放，多面板图按面板而不只是按画布确定尺寸；所有单坐标轴绘图函数都接受 ax= 参数，可以直接画进指定面板；新增通用桑基图和冲积图、基于 Marsilea 的可嵌入聚类热图、按计数绘制的细胞通讯热图和细胞比例趋势图。标签避让、刻度重叠、火山图图例等细节也有修正，plot_set 增加了中日韩字体回退。 空间组学模块 ov.space 修正了 STAligner 的批次识别与对齐，以及 Visium 的坐标、文库和图像变换，并要求 cell2location 和 RCTD 使用原始计数输入；SpaceFlow、STAGATE 的训练与输入，COMMOT、FlowSig 的输入校验也有调整。单细胞方面新增 Bonsai 细胞状态树的计算与绘图，支持 CellPhoneDB Method 3 并处理重复基因，修正扰动分析后端的输出与报错、RNA 速度下游分析的对齐，同时移除了 CytoTRACE2 和 scGPT 占位接口。bulk 与兼容性方面，pyDEG 增加输入校验并支持 GDC 临床字段，兼容 anndata 0.11 至 0.13 和新旧两代 zarr，还补入了 UCE 与 SAMap 的 MIT 许可。

收录日期

2026-10-21

类别

生命与医学

状态

资料核验，未安装实测（核验日期 2026-10-21）

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