2026-10-22 · 数据与评测 · 资料核验，未安装实测
Positron 在一个 IDE 里支持 R 和 Python
Positron 是 Posit 基于 Code OSS 开发的数据科学 IDE，为 R 和 Python 内置了控制台、变量窗格、数据浏览器和绘图窗格，桌面版可免费下载。它采用 Elastic License 2.0，源码公开，但这不是 OSI 认可的开源许可证。核验时的最新版本是 10 月 19 日发布的 2026.10.1。本文为资料核验，…
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学术开源
收录值得研究与试用的开源项目，包含文献与写作、科研 Agent、数据评测、实验仪器、生命医学与基础设施。
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打开开源目录 ↗2026-10-21 · 数据与评测 · 资料核验，未安装实测
CmdStanR 1.0 候选版改了编译方式
CmdStanR 是 Stan 开发团队维护的 R 接口：在 R 里编译 Stan 模型，交给命令行程序 CmdStan 运行，再把结果读回 R，代码采用 BSD 3-Clause 许可证。2026 年 10 月 15 日，团队在 Stan 官方论坛发布 1.0 候选版，改动集中在模型何时需要重新编译。本文为资料核验，未安装实测。  一页用 LaTeX 排版的芬兰语示例文档，仅作题图，与 PaperOrche…
查看记录 →2026-10-21 · 数据与评测 · 资料核验，未安装实测（2026-10-21 核对 GitHub 仓库、Releases、LICENSE 与 pyproject.toml）
PyGAD 3.8 修正了选择与交叉偏差
PyGAD 是用 Python 构建遗传算法的开源库，仓库为 ahmedfgad/GeneticAlgorithmPython，采用 BSD-3-Clause 许可证。2026 年 10 月 9 日和 11 日先后发布的 3.8.0 与 3.8.1 修正了排序选择、SBX 交叉和整数变异中的偏差与溢出，同一随机种子下的结果可能与旧版不同。本文为资…
查看记录 →2026-10-21 · 基础设施 · 资料核验，未安装实测（核验日 2026-10-21）
Ray 2.59 新增基于磁盘的外部 Shuffle
Ray 是 ray-project/ray 仓库维护的开源分布式计算框架，可把 Python 写的数据处理、训练与推理任务扩展到多核和集群，主体代码采用 Apache 2.0 许可证。2026 年 10 月 2 日发布的 2.59.0 为 Ray Data 加入基于磁盘的外部 Shuffle，并将 Ray Data LLM 与 Ray Serve…
查看记录 →2026-10-20 · 数据与评测 · 资料核验，未安装实测（2026-10-20 核验）
Datasets 5.1 新增生物序列与结构格式
Hugging Face Datasets 是 Hugging Face 维护的 Python 数据集加载与处理库，GitHub 仓库为 huggingface/datasets，以 Apache-2.0 许可证开源。2026 年 10 月 5 日（UTC）发布的 5.1.0 版新增 FASTA、FASTQ、GenBank、PDB 和 mmCIF…
查看记录 →2026-10-20 · 文献与写作 · 资料核验，未安装实测
Docling 把论文 PDF 转成结构化文本
Docling 是 IBM 苏黎世研究院团队发起的开源文档解析工具，代码采用 MIT 许可证，可把 PDF、Word、LaTeX 和 JATS 论文 XML 等资料转成保留标题层级、阅读顺序与表格结构的 Markdown 或 JSON。最新版 v2.140.0 于 2026 年 10 月 16 日发布。本文为资料核验，未安装实测。  HADDOCK3 是乌得勒支大学 Bonvin 实验室开发的生物…
查看记录 →2026-10-20 · 科研 Agent · 资料核验，未安装实测（2026-10-20）
Haystack 3.4 更新了上下文压缩与分块页码
Haystack 是 deepset 维护的 Python 开源框架，用来搭建检索增强生成（RAG）流水线和会调用工具的智能体，代码采用 Apache-2.0 许可证。2026 年 10 月 15 日发布的 v3.4.0 新增实验性的工具结果外存压缩，并统一了文档分块的页码含义。本文为资料核验，未安装实测。 ![Haystack 文档中的 RAG…
查看记录 →2026-10-20 · 基础设施 · 资料核验，未安装实测
mpcrl 1.4.1 可分别配置两个 MPC
mpcrl 是一个 Python 库，用参数化的模型预测控制（MPC）充当强化学习智能体的策略与价值函数近似，再由强化学习算法调整 MPC 的参数。2025 年 10 月 17 日发布的 1.4.0 和 1.4.1 允许为两类价值函数分别传入 MPC，并改进了智能体的复制与序列化。本文为资料核验，未安装实测。 ![题图：优先使用 mpcrl 官方…
查看记录 →2026-10-20 · 文献与写作 · 资料核验，未安装实测（2026-10-20 核验 GitHub 仓库、LICENSE、Releases、PyPI 与官方文档）
paperscraper 1.1 新增谷歌学术引用查询
paperscraper 是一个以 MIT 许可证开源的 Python 文献采集包，可按关键词从 PubMed、arXiv 和 bioRxiv 等预印本平台批量获取论文元数据，并下载可获取的全文。2026 年 10 月 8 日（UTC）发布的 v1.1.0 借助第三方服务 SearchApi 接入谷歌学术，新增引用数、施引论文和作者成果查询。本文…
查看记录 →2026-10-20 · 数据与评测 · 资料核验，未安装实测
PyAutoLens 新版改进推断随机种子管理
PyAutoLens 是开源的强引力透镜建模 Python 库，仓库为 PyAutoLabs/PyAutoLens，采用 MIT 许可证。2026 年 10 月 16 日至 18 日，项目连续发布四个版本，发布说明均注明本体代码没有直接改动，变化来自上游的 PyAutoFit 和 PyAutoArray，重点是统一的随机种子和高维 Nautilu…
查看记录 →2026-10-20 · 数据与评测 · 资料核验，未安装实测（2026-10-20）
qsv 26.0 新增三种数据图表
qsv 是 datHere 维护的命令行表格数据处理工具，用 Rust 编写，以 MIT 许可证开源，可对 CSV、Excel 等数据做查询、清洗、统计、校验、转换和绘图。2026 年 10 月 19 日发布的 26.0.0 版为 `viz` 命令新增极坐标柱状图、三元图和平行坐标图，扩充了 SQL 函数，并有两项会改变旧输出的变更。本文为资料核…
查看记录 →2026-10-19 · 文献与写作 · 资料核验，未安装实测
Pandoc能让论文少改格式吗？
同一篇论文，合作者要 Word，投稿要 LaTeX，存档又要 PDF，往往得反复调整格式。Pandoc 让作者从一份 Markdown 源稿生成多种文档，并按指定样式处理引用。它适合想减少多份稿件维护的研究者，但复杂表格和期刊版式仍需逐项检查，不能把转换成功当作投稿格式合格。 Pandoc 是 John MacFarlane 主导、以 Haske…
查看记录 →2026-10-19 · 数据与评测 · 2026-10-19 在 Linux 实测 v0.7.0（Python 3.12 独立虚拟环境），含 0.6.1 同数据对比；未运行完整测试套件
Pingouin 0.7.0 修正了混合方差分析的错误结果
Pingouin 是开源 Python 统计包，可在 pandas 数据框上直接做 t 检验、方差分析和相关，结果表同时给出效应量、Bayes 因子和检验力。2026 年 9 月发布的 0.7.0 修正了混合方差分析的 Greenhouse-Geisser 校正 p 值。实测同一份数据，校正 p 值由 0.022677 变为 0.020438，显…
查看记录 →2026-10-18 · 文献与写作 · 资料核验，未安装实测
Better BibTeX for Zotero：给 LaTeX/Markdown 写作的稳定引用键与自动导出
Better BibTeX for Zotero（BBT）是 Emiliano Heyns 维护的 Zotero 插件，以 MIT 许可证在 GitHub 公开，面向用 LaTeX、Markdown 写作的研究者。它为每条文献生成不冲突的引用键，并在文献库变动时自动重写 .bib 文件，让正文里的 \cite{} 或 [@key] 始终对得上参考…
查看记录 →2026-10-18 · 文献与写作 · 资料核验，未安装实测
GROBID：把论文 PDF 解析成结构化 TEI XML 的开源工具
GROBID 是一款面向学术文献的开源机器学习工具，能把论文 PDF 解析成结构化的 TEI XML，抽取标题、作者、机构、摘要、正文章节和参考文献。代码采用 Apache-2.0 许可，最新正式版 0.9.1 于 2026 年 8 月 4 日发布，可用 Docker 部署为本地 Web 服务。本文为资料核验，未安装实测。 ![一份学术论文 PD…
查看记录 →2026-10-18 · 文献与写作 · 资料核验，未安装实测（2026-10-18 核验仓库、许可证与版本）
JabRef：直接管理 .bib 文件的开源 BibTeX/BibLaTeX 文献管理器
JabRef 是 2003 年创立、由志愿者核心团队业余维护的开源文献管理器，以 MIT 许可证在 GitHub 公开，用 Java 编写，可在 Windows、macOS 和 Linux 上运行。它不另设私有库格式，直接打开和保存 BibTeX/BibLaTeX 的 .bib 文件，适合用 LaTeX 写作、希望文献库本身就是纯文本的研究者。本…
查看记录 →2026-10-18 · 文献与写作 · 资料核验，未安装实测（2026-10-18 核对 v2.0.0、Apache-2.0 代码许可与模型权重条款）
Marker：把学术 PDF 转成 Markdown 与 JSON 的开源工具
Marker 是 Datalab 维护的开源文档转换工具，能把论文、书籍等 PDF 转成 Markdown、JSON 或 HTML，并处理其中的表格、公式和图片。截至 2026 年 10 月 18 日，最新正式版是 7 月 20 日发布的 2.0.0。代码采用 Apache-2.0，模型权重另适用修改版 OpenRAIL-M 许可，商业使用有门槛…
查看记录 →2026-10-17 · 数据与评测 · 资料核验，未安装实测
LOADBench：101 个运放拓扑与六项基准的开放模拟电路数据集
LOADBench 是慕尼黑工业大学、葡萄牙电信研究所与 Sony AI 等发布的开放模拟电路数据集与基准，收录 101 个基于 SKY130 开源工艺的运放拓扑，每个拓扑约百万组尺寸—性能仿真数据，并定义六项任务。数据集 v1 于 2026 年 8 月发布于 Zenodo，采用 CC BY 4.0 许可。本文为资料核验，未安装实测。 ### 数…
查看记录 →2026-09-27 · 文献与写作 · 公开收录
DeepTutor
开源学习与研究助手，支持知识库、深度研究和文档阅读等工作流。
查看记录 →2026-09-27 · 实验与仪器 · 公开收录
Isaac ROS 5.0
NVIDIA 发布的机器人 ROS 软件栈版本，提供 GPU 加速组件和 Agent Skills 相关开发能力。
查看记录 →2026-09-27 · 实验与仪器 · 公开收录
LabMCP
实验仪器 MCP connector 集合，为 Agent 提供明确的设备动作接口、限制检查和模拟器。
查看记录 →2026-09-27 · 数据与评测 · 公开收录
SmolDataEnvs
FineEnvs 发布的数据分析 Agent 训练与评测数据集，提供可程序判分的任务。
查看记录 →2026-09-27 · 文献与写作 · 公开收录
Zotero Agents
围绕 Zotero 文献库建立 Agent、引用关系、概念知识库和研究流程。
查看记录 →2026-09-26 · 生命与医学 · 公开收录
NVIDIA Medical AI Skills
将医学影像模型与 DICOM 工具封装为 Agent Skills，并配套验证材料。
查看记录 →2026-09-26 · 科研 Agent · 公开收录
Open Science Assistant
为科研开源社区配置专属助手的平台，可连接项目文档、源码与专业工具。
查看记录 →2026-09-26 · 科研 Agent · 公开收录
OpenQuantum
面向量子计算的开源 Agent 工作台，连接专业技能、计算工具和结果验证。
查看记录 →2026-09-26 · 科研 Agent · 公开收录
Polaris
浙江大学 REAL Lab 的科研 Agent 项目，串联文献、想法评审、实验与论文写作。
查看记录 →2026-09-26 · 数据与评测 · 公开收录
StatsPAI
面向统计与因果推断的 Python 工具箱，附带可供 Agent 调用的统计方法接口。
查看记录 →2026-09-25 · 文献与写作 · 公开收录
Academic Research Skills
覆盖研究、写作、审稿与修订的科研 Agent Skills 项目，提供引用检查和人工确认节点。
查看记录 →2026-09-25 · 科研 Agent · 公开收录
alphaXiv OpenResearch
面向科研 Agent 的本地实验管理工具，用 Git worktree 和运行记录保存研究分支及结果。
查看记录 →2026-09-25 · 科研 Agent · 公开收录
CoAutoResearch
支持 Codex CLI 与 Claude Code 的自主科研系统，把试验、证据快照和人工判断连成流程。
查看记录 →2026-09-25 · 基础设施 · 公开收录
Google AX
Google 开源的 Agent Executor，负责隔离运行、调度、暂停与恢复长时间 Agent 任务。
查看记录 →2026-09-25 · 文献与写作 · 公开收录
Hyperresearch
深度研究 Agent，使用本地 Markdown 与 SQLite 保存检索来源、证据和研究记录。
查看记录 →2026-09-24 · 基础设施 · 往期精选
CliffCompaction
套在 Claude Code、Codex 外的透明代理，压缩长历史上下文，尽量不重新生成事实。
查看记录 →2026-09-22 · 文献与写作 · 往期精选
Hister
把浏览过的网页和本地文件做成完全本地的个人阅读搜索引擎，再通过 MCP 给 Agent 用。
查看记录 →2026-09-22 · 文献与写作 · 往期精选
Jupyter AI
Jupyter 官方 AI 扩展把 Claude、Codex、Gemini 等 Agent 接进 Notebook。
查看记录 →2026-09-22 · 科研 Agent · 往期精选
Reef
让科研 Agent 在运行中持续自我进化：Serve、Observe、Grow、Commit。
查看记录 →2026-09-21 · 生命与医学 · 往期精选
BioNeMo Agent Toolkit
NVIDIA 把蛋白结构、分子对接、生成化学和基因组分析封装成 Agent Skill。
查看记录 →2026-09-21 · 实验与仪器 · 往期精选
Instro
把电源、万用表、示波器等实验仪器统一成 Python API，并给 Codex/Claude 配了硬件 Skill。
查看记录 →2026-09-21 · 文献与写作 · 往期精选
PDFMathTranslate
37k Star 的论文翻译工具，开始补齐扫描 PDF。保留公式、图表和排版，并提供 CLI、GUI、Docker、Zotero 与 MCP。
查看记录 →2026-09-20 · 实验与仪器 · 往期精选
fairchem
机器学习势开始真正进入完整酶反应模拟。 Meta FAIR Chemistry 将 UMA/eSEN 开放机器学习原子势推进到完整酶加显式溶剂、接近量子精度的原子模拟。
查看记录 →2026-09-20 · 生命与医学 · 往期精选
RADAR
Science 论文同步开放腹部 CT 通用视觉语言模型。 阿里达摩院与浙江大学等开放可识别 18 类解剖结构、146 种影像学发现的腹部 CT 模型，并提供代码、预处理流程和预训练 checkpoint。
查看记录 →2026-09-19 · 数据与评测 · 往期精选
AgentSociety
2.9.0：把社会科学研究变成可执行的 Agent 实验。 从大量虚拟人聊天转向 Executable Social Science 实验环境。
查看记录 →2026-09-19 · 数据与评测 · 往期精选
LimiX-2
一个模型处理科研表格里的分类、回归和缺失值。 约 400M 参数的结构化数据 Foundation Model，可用同一预训练模型处理分类、回归、缺失值填补及一定的变量结构信息提取。
查看记录 →2026-09-18 · 科研 Agent · 往期精选
AutoResearch
把‘找方向 → 做实验 → 形成论文证据’串成闭环。 EvoMap 开源的科研 Agent 工作流，能从研究想法开始执行到实验、结果分析、独立评审和 paper-ready evidence package。
查看记录 →2026-09-18 · 科研 Agent · 往期精选
DeepAgents
0.7.15：长流程科研 Agent 的底层 Harness。 LangChain 的开源 agent harness，重点解决 planning、filesystem、subagent、context management 与长任务执行。
查看记录 →2026-09-18 · 数据与评测 · 往期精选
Terminal-Bench-Science
科研 Agent 的‘真科研考试’。 让 Agent 在终端完成完整科研任务，并检查生成的代码、分析、模拟、证明和数据产物。
查看记录 →2026-09-17 · 科研 Agent · 往期精选
Atria Dawn
上海 AI Lab 开放 744B 长流程科研 Agent 模型。 面向检索、写代码、跑实验、分析结果、失败恢复和交付成果等长流程任务的开放权重 Agent 模型。
查看记录 →2026-09-17 · 文献与写作 · 往期精选
Paper2Agent
登上 Nature：把论文直接‘编译’为可调用科研 Agent。 输入论文及其代码库，Paper2Agent 自动生成经过验证的 MCP Server 或 Agent Skill，让 AI 可调用论文方法处理新数据。
查看记录 →2026-09-17 · 科研 Agent · 往期精选
Scientific Agent Skills
165 个科研 Skill 正在变成科研 Agent 的‘插件生态’。 K-Dense 将科研常见数据库、Python 库和研究流程封装为标准 Agent Skills，可用于 Codex、Claude Code、Cursor、Gemini CLI 等。
查看记录 →2026-09-16 · 文献与写作 · 往期精选
AIPOCH Open-Science
正在成型的科研版 AI IDE。2026-09-23 的 v0.33.0 加入按纳入/排除标准自动筛选文献（Included / Needs review / Excluded），并保留 PDF 证据位置。
查看记录 →2026-09-16 · 文献与写作 · 往期精选
MinerU
科研 Agent 的‘文档解析基础设施’继续升级。 把复杂 PDF、扫描件、DOCX、PPTX、XLSX 转成适合 LLM、RAG、Agent 使用的 Markdown 和 JSON，尤其擅长论文公式、表格和复杂版式。
查看记录 →2026-09-16 · 文献与写作 · 往期精选
PaperQA2
成熟的科学论文 RAG 仍在持续维护。 专门针对科学论文设计的高精度、带引用 RAG/Agent 系统，而不是通用文档聊天壳。
查看记录 →2026-09-16 · 文献与写作 · 往期精选
Zotero MCP
Zotero 真正开始变成 Agent 的科研数据库。 直接在 Zotero 内运行 MCP Server，让 Claude、Cursor 等 AI 客户端搜索、读取甚至修改本地文献库。
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